Autor:
/Unsplash

Masinõpe aitas tuvastada Eestis levivad viirusetüved, mis põhjustavad emakakaelavähki

Tartu Ülikooli teadlased tegid e-tervise andemete põhjal kindlaks Eestis levivad papilloomiviiruse (HPV) peamised tüved, mis põhjustavad emakakaelavähki. Tulemused kinnitavad, et Eestis kasutatavad vaktsiinid kaitsevad nende viirusetüvede eest võrdlemisi hästi. Samuti leiti, et andmeteadusliku lähenemise laialdasem kasutamine võimaldaks terviseandmeid kasutada varasemast paremini nii haiguste ennetamisel, varasel tuvastamisel kui ka ravis.

Inimese papilloomiviirus on sugulisel teel leviv viirus, mis põhjustab emakakaelavähki. Miks tekib mõnel nakatunud naisel vähk ja teisel mitte, ei ole veel teada. Eestis sureb emakakaelavähki igal nädalal keskmiselt üks naine. Seejuures on tegu ainukese vähiga, mis on tänu sõeluuringule ja HPV-vastasele vaktsineerimisele ennetatav. HPV vaktsiin lisati Eestis 2018. aastal koolilaste riiklikku vaktsineerimiskavasse.

Tartu Ülikooli teadlased tegid uuringu, milles võeti esimest korda kokku Eesti e-tervise andmebaasi kogutud info naiste emakakaela koeproovide (Pap-test) ja suure riskiga HPV testide tulemuste kohta. Uuringus kasutati populatsioonipõhist juhuvalimit, kuhu kuulusid veidi üle 66 000 naise anonüümsed andmed. See on Euroopas seni teadaolevalt suurima valimiga taoline uuring.

Emakakaelal vähieelseid muutusi ja vähki põhjustavate HPV tüvede kindlakstegemine Eestis on uuringu juhtautori, Tartu Ülikooli peremeditsiini ja rahvatervishoiu instituudi professori Anneli Uusküla sõnul oluline seepärast, et vaktsiine arendatakse välja kindlatest viirusetüvedest lähtuvalt. Tüvede levik võib aga olla piirkonniti erinev. Nii selgub uuringust, et Eestis kasutusel oleva vaktsiini toimel langeb vähieelsete raske astme muutuste esinemissagedus poole võrra ja üle 60% emakakaelavähi juhtudest oleksid ennetatavad. „Seda on veidi vähem, kui näiteks USA-s või Austraalias, kus neid vaktsiine arendatakse. Emakakaelavähi sõeluuringuga on vaja seepärast kindlasti regulaarselt jätkata,“ ütles Uusküla.

Andmeteadus tervishoiu teenistuses

Uuringu teine eripära seisneb selles, et terviseandmetel rakendati andmekaeve ja masinõppe meetodeid. Terviseandmeid kogutakse digitaalsel kujul paljudes riikides, kuid paraku on need andmed 80%-l juhtudest struktureerimata. Muuhulgas hõlmavad need nii patsiendi sümptomite kirjeldusi, arsti antud ravisoovitusi kui ka haigusloo lähemat kirjeldust. Kuna viimane on aga sageli esitatud vaba tekstina, pole võimalik kuigi hõlpsalt eri analüüside tulemusi kokku viia ja suure pildi kokkupanemine muutub keeruliseks.

Tartu Ülikooli arvutiteaduste instituudis on terviseandmete standardiseerimise teemaga tegeletud juba aastaid. Eesti e-tervise süsteem, kuhu jookseb kokku kogu riigi terviseinfo, pakub selleks rikkalikult lähtematerjali. Teadlased on loonud info põhjal standardiseeritud andmebaasi, mis hõlmab umbes 10% Eesti elanikkonnast. Andmekogu üks kasutusviise ongi just masinõppemeetoditega terviseriske prognoosivate algoritmide loomine.

Terviseinformaatika kaasprofessori Raivo Kolde sõnul on andmestiku eripära see, et tegu on Eesti elanikkonna juhusliku läbilõikega, mis pole piiritletud kindla haigla või perearstikeskusega. Seepärast sobib andmestik hästi kogu populatsiooni haaravate analüüside tegemiseks. „Oleme viinud andmed rahvusvahelisele standardile vastavale kujule, et hõlbustada Eesti andmete sidumist rahvusvaheliste andmekogudega ja võimaldada osalemist eri riike hõlmavates terviseuuringutes,“ selgitas Kolde.

Uuringu käigus saadi sel moel ülevaade HPV levimusest Eestis ja aidati seeläbi kaasa HPV-vastase vaktsineerimise veelgi paremale korraldusele.

Terviseandmete digitaalne väärindamine võimaldab Kolde sõnul luua tulevikus tööriistu, mis aitaksid mitmesuguseid haiguseid ennetada, neid varem diagnoosida või raviotsuseid teha.

Teadustöö tulemused ilmusid Ameerika Meditsiiniassotsiatsiooni ajakirjas JAMA Network Open.

Tartu Ülikool

Konverentsil „Kliinik 2024“ vaadatakse tulevikku

Maakera ja koroonaviirust illustreeriv pilt

Teadusnõukoja liikmed ja Tartu Ülikooli teadlased arutlesid viiruste mõju ja tuleviku üle

Äidu karjääri roheline vesi ja surnud puud

Tartu Ülikooli ja Tallinna Tehnikaülikooli koostöös toimub Ida-Virumaal Õiglase Ülemineku Foorum